"Les années à Kyoto où tout était paisible et normal remontent à loin. En effet, les deux plus grandes universités de la ville se concentraient seulement sur l'éducation des élèves et de leurs résultats. Mais c'était sans compter la compétition qui régnait. Certains élèves, notamment ceux des sections d'arts martiaux commencèrent petit à petit à ressentir une rage profonde envers ceux de l'université adverse, sûrement à cause de divers combats qu'ils organisaient, perdant chacun l'un tour et n'acceptant visiblement pas cette défaite Naquit ensuite une guerre pour la gloire. Chaque université voulait être surnommée "La meilleure" et ce qu'importe le prix. Ousen et Ouran devinrent de grandes ennemies, et leurs élèves tout autant, les bagarres fusaient, que ce soit en ville ou dans les établissements respectifs. Il n'y avait aucune règle, rien pour les empêcher, sauf la mort. C'était là le seul mot à éviter, aucune mort ne devait être déclarée.

Les deux universités étaient toutes deux dirigées par des meneurs, filles et garçons. Si un meneur venait à être battu, alors la victoire revenait à son vainqueur, et le pouvoir par la même occasion. En 2010, l'université d'Ouran avait remporté la victoire, et le meneur d'Ousen, visiblement trop honteux et peu fier, avait finalement disparu de la circulation, laissant son école seule et peu apte à se rebeller. Son petit frère, Nakahara Shouta, désormais en troisième année, excédé par la vision d'une université qui se laisse marcher dessus, sans broncher, a pris la relève, et compte bien redonner un peu d'espoir et de fierté à son école. Il mène à bien sa campagne de renforcement de l'équipe de combat de Ousen, encourageant chaque garçon à se battre pour l'honneur de tous. Le temps où Ouran régnait sur Kyoto est révolu, ils vont se battre. Et c'est sans compter la force des filles, dont certaines ne supportent plus de voir les garçons de leur établissement se laisser battre comme çà, et endurer les coups seuls. A leur tête, Misaki Rin, la demoiselle la plus populaire de Ousen, qui compte bien montrer que les filles de son école ne sont pas si douces et gentilles que les apparences ne laissent voir.

Est enfin venu le temps d'une nouvelle guerre à Kyoto. Alors que les cours ont repris normalement, que les élèves ont une vie à peu près normale, tout recommence!
Qui remportera le pouvoir et deviendra la plus grande université de Kyoto?"